Несмотря на то, что препарат достаточно сильно действует на организм, у него совсем не много абсолютных противопоказаний. Категорически не следует принимать его тем пациентам, у которых обнаружена индивидуальная непереносимость пиритинола. Также не назначают энцефабол людям, страдающим эпилепсией и сильным возбуждением психики и моторики. Кроме этого, не следует назначать препарат и тем людям, кто страдает склонностью к судорогам. Существуют и относительные противопоказания к лечению энцефаболом. Люди, страдающие следующими заболеваниями, перед применением препарата должны пройти тщательное обследование и консультацию врача. К относительным противопоказаниям относят как уже перенесенные заболевания почек и печени, так и ныне существующие, в том числе и недостаточность деятельности этих органов, аутоиммунные нарушения в стадии обострения, включая системную красную волчанку, нарушение состава крови, миастению, некоторые разновидности заболеваний соединительных клеток, а также пемфигус. Не желательно принимать энцефабол беременным женщинам и кормящим грудью мамам. Хотя в некоторых, особо сложных случаях этот препарат и назначается этой группе пациенток. При этом необходимо знать, что энцефабол попадает как в грудное молоко (хотя и в совсем малых дозах), так и проникает через плаценту, то есть он может влиять на состояние плода и младенца. Производитель успокаивает, что вредоносного действия препарат не оказывает, что подтверждено многочисленными лабораторными и клиническими исследованиями.