Важливо: інформація в статті актуальна на момент публікації її оригіналу 2-3 грудня. У наступні кілька тижнів з'являться надійні дані, будуть проведені якісні дослідження, і багато питань, поставлених у статті, знайдуть відповіді.
Переклад статті з блогу Дерека Лоува, PhD в органічній хімії, фахівця з розробки фармацевтичних препаратів, колумніста журналу Королівського хімічного товариства Chemistry World.
Оригінал картинки: wegotthiscovered.com
Ну ось і з'явився черговий варіант, з яким доведеться рахуватися. Говорити про щось напевно поки передчасно, але можна хоча б згрупуватися і підготуватися до аналізу інформації, яка буде з'являтися наступні кілька тижнів. Отже, введення в Омікрон.
Що це взагалі за варіант?
Насамперед впадає в очі безліч мутацій порівняно з іншими варіантами, навіть Дельтою (про це нижче). Але, як я вже говорив, ці мутації розподілені дуже нерівномірно. Нагадує це все «» добірку кращих хітів «», тому що багато раніше виявлених корисних мутацій тепер виявляться корисними Омікрону. В області, що кодує нуклеокапсидний білок, їх тільки дві. Обидві вже зустрічалися, і вони можуть бути пов'язані з підвищеним вірусним навантаженням. В області ORF1a (іноді позначається NSP6) ми бачимо делецію трьох залишків - таке ми теж вже спостерігали, ця мутація може сприяти відходу від імунітету (але це не точно). А ось в S-білці (білок-шип) змін дуже багато. Їх кількість, як і те, що всі вони виявилися разом в одному варіанті, викликає неабияке здивування. Наприклад, там є вставка трьох амінокислот в позиції 214, такого ми раніше, по-моєму, не зустрічали. Є й кілька змін біля сайту фуринового розщеплення (S1-S2) і відразу кілька - навколо рецептор-зв'язувального домену (RBD) на кінчику шипа.
Деякі з цих мутацій (особливо делеція 69-70) виявляються корисними для виявлення Омікрона на ранньому етапі, тому що на цю частину шипа націлений один з часто використовуваних ПЛР-тестів (TaqPath). Тест знаходить інші два гена-мішені, але не третій, змінений в Омікроні. Необзовання S-гена вже використовувалося для відстеження варіантів, які досить далеко пішли від шуканої послідовності. Тест не говорить, що саме це за варіант, але дає зрозуміти, що послідовність S-білка якась дивна, а це вже привід для секвенування. Випадіння S-гена якраз було однією з головних доказів, що підказали південноафриканським вченим: сталося щось таке.
Як і звідки з'явився Омікрон?
Гарне питання! Якщо подивитися на філогенетичне дерево, то виявиться, що Омікрон «» гуляє сам по собі «» і з іншими широко поширеними варіантами не пов'язаний, так що Дельта тут ні при чому. Послідовностей дорогою від предка (найближча послідовність родом із середини 2020 року) до Омікрона ми бачимо небагато. В реальності вони, звичайно, колись існували, просто ми їх не помічали і не секвенували. Чому? Відразу приходить на думку про те, що Омікрон міг розвинутися в організмі одного єдиного пацієнта з ослабленим імунітетом протягом тижнів, а то й місяців. Нагадаю, яким чином у рамках досліджень інфекцію «» навчають «» резистентності до будь-яких ліків у лабораторії: патоген піддають впливу сублетальних концентрацій препарату і починають їх поступово збільшувати. Тобто ви не вбиваєте все підчисту, а даєте вірусу або бактерії шанс поборотися за життя, маючи деяку фору. Це дозволяє мутаціям накопичуватися і проявляти себе в міру того, як виживати стає все складніше.
Ось саме це і відбувається всередині пацієнта з коронавірусом, якщо у його імунітету не виходить включитися на повну
Вірус та імунна система вступають у довгу битву, в якій жодній зі сторін не вдається досягти вирішальної переваги, а еволюція-то весь цей час не припиняється. Ось чому в разі бактеріальної інфекції обов'язково потрібно пити антибіотики повним курсом, а також чому ефективні вакцини ще й перешкоджають утворенню нових варіантів: чим швидше патогени будуть знищені, тим менше у них буде часу спробувати себе на просторах еволюції. Потрібно чинити на них негайний і потужний тиск. Якщо займеться цим абияк, ви пошкодуєте про це.
Хворий з імунодефіцитом - одна з версій, але деякі вірусологи вважають, що навіть вона не може пояснити настільки велику кількість змін в Омікроні. Ще одне можливе пояснення (див. ось цю статтю) таке: в якийсь момент вірус міг передатися від людини до якоїсь тварини, а потім назад. Передача від людини до тварини цілком можлива: наприклад, після початку пандемії SARS-Cov-2 став виявлятися у білохвостих оленів. Наприкінці минулого року вірус від людини підчепили норки, заражалися і представники інших видів. Можливо, попередник Омікрона (щось із клади 20B) в останні місяці еволюціонував у тварин резервуарах, а потім знову потрапив до людей. Так чи інакше, обидві версії правдоподібні, вибрати одну поки не вистачає підстав. Детальніше про питання походження див. тут і тут.
Омікрон більш заразний? Йому легше подолати наш імунітет?
Це головне, що ми постараємося з'ясувати в найближчі дні і тижні. Поки відповіді на ці питання неясні (незважаючи на те, що написано в деяких новинних заголовках). Випадки Омікрон виявляють все в нових країнах, і так буде продовжуватися. У Великобританії почалося зростання числа позитивних тестів на випадання S-гена, що натякає на можливе поширення нового варіанту. Подібних даних по США я поки не бачив, почасти через низьку якість системи тестування і спостереження. Але перший випадок в США вже був виявлений днями в Каліфорнії, так що інші штати підтягнуться в наступні пару тижнів, сумнівів тут мало. Ізраїль, Німеччина, Нідерланди, Японія, Бразилія та інші країни теж починають повідомляти про випадки виявлення Омікрона, підтверджені секвенуванням.
А ось далі, насправді, все може розвиватися кількома шляхами. Раптове зростання в Південній Африці, звичайно, говорить на користь версії про підвищену заразність, але потрібно дочекатися і поспостерігати, як піде справа в інших місцях. Нагадаю, що варіант Лямбда сильно проявився в Перу, Чилі, Аргентині та інших частинах Південної Америки ще влітку, але в іншому світі так і не «» вистрілив «». У липні/серпні на цьому тлі звучало багато закликів готуватися до гіршого, але нічого такого не сталося (я не скаржуся, якщо що). Замість цього в світі панувала Дельта. Омікрон може скинути її з трону. А ще карта бойових дій може фрагментуватися, і в різних районах будуть домінувати різні варіанти (в основному так і виходило досі). Або - менш ймовірно, але все ж можливо - Омікрон може виявитися навіть меншою проблемою, ніж він видається зараз.
Ось тут Тревор Бедфорд наводить хороший первинний аналіз даних, доступних на сьогодні. На основі низки розумних і правдоподібних припущень він показує, що існує спектр пов'язаних один з одним можливих показників заразності і відходу від імунітету, різні варіанти повинні лежати на одній із сімейства кривих у цьому просторі. Поки дані говорять, що або Омікрон легше (ніж Дельта) передається, зате має менше шансів обійти імунітет, або навпаки - гірше передається, але краще йде від імунітету. Дані можна розташувати і десь між цих двох крайніх точок.
На що дані поки зовсім не вказують, так це на сценарій коронавірусного апокаліпсису, при якому Омікрон і передається легше, і від захисту йде краще Дельти
Якби це було так, повірте, справи були б куди гіршими, ніж ми спостерігаємо насправді. Враховуючи велику кількість мутацій в районі шипа, Тревор Бедфорд вважає ймовірним, що Омікрон виграє в ухиленні від імунітету, а значить програє в трансмісивності, і що в кінці кінців він може програти Дельті в заразності. І якщо ось ця новина з Ізраїлю підтвердиться, то ми, можливо, це і спостерігаємо.
Однак здатність легше уникати імунітету - це, зрозуміло, теж нічого доброго. Хоча, не втомлююся повторювати, це не означає, що захист, який надається вакциною або перенесеною інфекцією, раптом зробилася марною. Ні, просто вона в деякій мірі знижена. Якою саме мірою - поки незрозуміло. Всім, як і раніше, обов'язково потрібно пройти вакцинацію і, по можливості, ревакцинацію. Це набагато краще, ніж намагатися здолати Дельту або Омікрон з непідготовленою імунною системою, а якщо останній і справді володіє підвищеною здатністю обходити людський імунітет, то й поготів. Мені багато пишуть люди, у яких є побоювання щодо вакцин, і хоча я їх здебільшого не поділяю, але я хоча б можу їх по-людськи зрозуміти. А ось ті, хто відмовляється від вакцинації, думаючи, ніби мають кращі шанси побороти вірус без неї, - їх я зрозуміти ніяк не можу.
Що далі?
Зараз потрібно зібрати якомога більше достовірних даних і наскільки можна швидко. Ми уважно відстежуємо поширення нового варіанту і намагаємося виявити, скільки людей заразив кожен наступний хворий. Постійно секвенуємо, на випадок якщо Омікрон спробує мутувати у що-небудь ще гірше. Як тільки з'являться одужалі, вивчаємо, як виглядає їх імунна відповідь, порівнюємо його з Дельтою та іншими варіантами. В експериментах (які вже йдуть) ми беремо кров людей, що перехворіли Дельтою; отримали дві вакцини; тих, хто вже отримав бустер, і порівнюємо, як їх антитіла протидіють Омікрону in vitro. Результати таких експериментів дадуть у першому наближенні розуміння, чого ми маємо право очікувати від кожної з цих груп популяції, якщо Омікрон дійсно підкорить світ. А потім стежимо за реальними даними, порівнюючи їх з передбаченнями. Поки ми мало що знаємо, але це зміниться дуже скоро.
